盛文涛 , 邓建兰 , 饶友生 , 柴学文 , 尧云萍

南昌师范学院, 生物技术研究所, 南昌, 330032
作者    通讯作者
《分子植物育种》印刷版, 2019 年, 第 17 卷, 第 29 篇   
收稿日期: 2018年05月14日    接受日期: 2018年06月20日    发表日期: 2019年08月15日

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为了在辣椒中开发 EST-SSR 功能性标记，对来源于 NCBI 公共数据库中 EST 序列进行简单重复序列搜索，共获得了非冗余序列 110 396 条和 6 182 个 EST-SSR，平均每相隔 11.23 kb/SSR。在所有的 650 种重复基序中，二核苷酸重复基序的 SSR 所占比例最高为 45.6%，其次是三核苷酸(30.2%)和六核苷酸(16.3%)。其中，GA/TC 出现的频率最高有 767 次，占全部重复基序的 12.41% (767/6 182)。在收集获得的 6 182 个EST-SSR 位点中，共设计出 5 874 对引物，并随机合成了 30 对引物进行 SSR 位点扩增，其中 27 对扩增出产物；24 对有清晰的目标扩增条带，占引物总数的 80%；且所检测出的辣椒等位基因数量丰富，平均 4.93 个/对。这些 EST-SSR 标记的开发，将有助于辣椒分子遗传的研究。

辣椒(Capsicum annuum L.)；NCBI；EST-SSR；等位基因